，分别统辖辽东蓟镇等九边，防备蒙古。由兵部管理。 而在南方者没有大的变化，仍然继承传统。只是在一些要冲地带设立镇，以总兵统之。兵源由各地卫所抽调，武器，军饷均有中央政府支付。统辖也改由为兵部，不受五军嘟嘟府和地方官吏的约束。 本来沈觉非还想设立类似总参谋部之类的机构，建立军校，但是身边缺乏人才，只得罢了。不过却有一件意外之喜，一次和戚继光闲谈，说道俞大遒精于水战，现在赋闲在家。沈觉非本以为俞大遒已经去世，闻知大喜。立即诏命起复俞大遒，用
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